Anticamente il paese di Gattorna era un piccolo nucleo di case, in genere mulini ad acqua che sfruttavano la confluenza delle acque dei torrenti Lavagna e Neirone ed era denominato Lagatona, Agatona o anche Agarone. La prima memoria del borgo si trova in un atto del notaio Parodino da Sestri, col quale l'arciprete di Uscio nel 1255 dava incarico di custodia al monaco Albertinus per "Ecclesie sancti Jacobi de l'Agarona".
Da questo documento emerge quindi che la chiesa di S. Giacomo di Gattorna esisteva già nel XIII secolo, ed era cappella dipendente da Uscio facente parte dell'Avvocazia.

Nel 1475 venne annessa alla rettoria di Neirone come cappella campestre, e così la indica, nel 1582, Monsignor Bossio. Per lungo periodo fu anche succedanea di Moconesi e per alcuni anni di Ognio, quando quest'ultima chiesa divenne parrocchia.

Attorno al 1604, come molte altre chiese fontanine, anche S. Giacomo di Gattorna ebbe la parrochialità e il primo titolare fu Don Gianni Maria Luchini. La prima cappella era situata nel piano ancora poco tempo fa denominato Orto del Parroco; luogo situato quasi alla fine e a sinistra del torrente Neirone poco sopra a dove oggi passa la S.P. 21 (per Neirone).
Per avere la parrocchialità i 15 fuochi, formati da circa 150 abitanti, si tassarono per un quarto di mina di castagne secche a favore del futuro parroco, come risulta da un atto del 1619 del notaio Giulio Schenone.

Durante il rettorato di Gerolamo Leonardini, si pose mano alla costruzione di una nuova chiesa in località Costa, non molto lontana dal vecchio edificio ma in zona molto più elevata e soleggiata (posizione che occupa tutt'oggi). Il nuovo tempio, iniziato il 29 maggio 1712, fu coperto soltanto dopo 26 anni. Nel 1738, pur non ancora finito, neppure internamente, venne benedetto e vi si officiò.